All’interno le pareti della basilica sono piuttosto spoglie, ad eccezione dell’abside che è completamente ricoperta da mosaici di vari colori, risalenti ad epoche diverse.

Nei diversi mosaici sono rappresentati: il Cristo dentro un medaglione circolare, i simboli alati degli evangelisti Giovanni, Matteo, Marco e Luca, i dodici apostoli con l’aspetto di agnelli e gli arcangeli Michele e Gabriele.

Sono poi rappresentati Elia e Mosè, gli apostoli Pietro, Giacomo e Giovanni e Sant’Apollinare.

Nei due pannelli laterali dell’abside sono rappresentati: l’imperatore bizantino Costantino, in uno, mentre nell’altro sono rappresentati Abramo, Abele e Melchisedec mentre offrono un sacrificio al Signore.